時間為十年後2025年的近未來，懸浮車和全息圖像等近未來科技投入實用。科學家研究的納米機器在未來2250年產生意識，它察覺過去時間線不穩定而想要用影響過去，也就是現代來確保自己的出現。本作第一部分舞台為虛擬世界，被招生所吸引的主角和同伴被神秘組織通過腦量子讀取，意識進入虛擬世界測試納米機器的應用。在普通大學大小的區域外則是無邊際森林，其中有着各種怪異生物。其中類似史前動物為最多。學生們需要擊殺怪物獲得學分，最後5人將被淘汰。如果虛擬世界死亡現實也會腦死亡。主要戰鬥劇情為各種冷熱兵器戰鬥（也有近未來的科幻風武器）經歷一系列艱難的戰鬥後主角在實驗結束前將負責人擊敗，活着的所有人逃離。第二部分則是主角等人被綁入百慕大的雙子島，島上有世界各地之前通過實驗的學生，一個島為學院一個島為怪物區。和之前類似的戰鬥開啓，不過這一次加入類似異能和魔法以及有神降術變身英靈的情節。主角身邊已死亡的好友妹妹用量子態幫助了主角很多。最後主角在研發納米機器科學家的幫助下將自身也轉換為量子態傳送到未來2248將納米機器剛剛進化的主腦摧毀而結束了一切。